En ella podemos distinguir diversos yacimientos:
1. Trinchera dolina:
El nuevo equipo se formó en 1993 y empezó a trabajar en una superf
icie de apenas tres metros por dos. Los progresos fueron rápidos. Al final de la excavación en 1993 se había alcanzado ya el nivel TD-8, que resultó ser rico en fauna. De su interior salieron magníficos ejemplares de carnívoros. La mayor parte de este material fue extraído en 1994; en junio de este año el equipo estaba en TD-7, una capa de areniscas depositadas por corrientes de agua, en el que apareció una pata de bóvido en posición anatómica.
El nuevo equipo se formó en 1993 y empezó a trabajar en una superf
icie de apenas tres metros por dos. Los progresos fueron rápidos. Al final de la excavación en 1993 se había alcanzado ya el nivel TD-8, que resultó ser rico en fauna. De su interior salieron magníficos ejemplares de carnívoros. La mayor parte de este material fue extraído en 1994; en junio de este año el equipo estaba en TD-7, una capa de areniscas depositadas por corrientes de agua, en el que apareció una pata de bóvido en posición anatómica.El 6 de julio la excavación alcanzó el nivel TD-6, en el que se descubrieron numerosos fósiles humanos: un puñado de dientes superiores e inferiores, un gran fragmento de cráneo, un fragmento de mandíbula con dos dientes y un molar (la muela del juicio) sin
salir, todos restos pertenecientes al mismo individuo, el Homínido 1, un niño que tenía una edad de alrededor de 14 años. Aparecieron también restos del Homínido 2, un niño de alrededor de 10 años.
salir, todos restos pertenecientes al mismo individuo, el Homínido 1, un niño que tenía una edad de alrededor de 14 años. Aparecieron también restos del Homínido 2, un niño de alrededor de 10 años. Pero había más: entre los 36 fragmentos humanos recuperados había, al menos, seis individuos, de los que se conservaban fragmentos de cara, huesos de manos y pies, vértebras... junto a ellos se encontraron piezas de industria lítica, lo que hace suponer que fueron víctimas de un banquete caníbal. El hecho de haber encontrado en este nivel dientes de la rata de agua Mimomys savini aseguraba que el estrato TD-6 tenía al menos 600.000 años, y una nueva datación paleomagnética aseguraba que se había depositado durante una fase en la que la polaridad de la Tierra estaba invertida, y la última vez que pasó eso fue hace 780.000 años.
Gracias a los fósiles encontrados en TD-6 en 1997 se públicó el hallazgo de una especie humana nueva: Homo antecessor, especie que fue la descubridora de Europa.
2. Trinchera Galería:
Los primeros años de excavación del yacimiento de Galería se consideraban hasta 12 niveles estratigráficos, numerados de abajo hacia arriba (desde TG1en el suelo de cueva hasta TG12 colmatando la parte superior) y siguiendo un criterio arqueológico, algunos niveles eran asignados según el grado de ocupación humana (denominados GSU). Estudios posteriores más finos han 
subdividido la columna estratigráfica de Galería en 6 niveles (del I inferior al VI superior).
subdividido la columna estratigráfica de Galería en 6 niveles (del I inferior al VI superior). Los niveles inferiores (GII and GIII) indican que entonces hubo una ocupación más inténsa de la cueva por los humanos, con cantos de cuarzita y herramientas en silex junto a huesos de herbívoros.
La edad de Galería es anterior a los 200.000 años. Se han realizado dataciones en un espelotema situado en el techo y que sella la cavidad (es decir se trataría del último momento en que la cavidad se estaba colmatando) y ha resultado tener una edad de entre 180.000 y 200.000 años, por tanto los niveles que se encuentran por debajo son más antiguos y aunque no sabemos cuanto más, los estudios del tipo de animales apuntan a una máximo de alrededor de 400.000.
3. Trinchera Elefante:
El yacimiento Trinchera Elefante (también denominado Sima del Elefante) es 
otro de los ricos depósitos que afloran en la Trinchera del Ferrocarril con 15 metros repletos de sedimentos. En los primeros años de excavaciones sistemáticas en la Trinchera del Ferrocarril, se tomaron muestras del corte para conocer de manera aproximada su cronología comprobándose que en la parte superior del yacimiento (con un relleno de 10 metros de potencia), aparecía industria lítica asociada a fauna. Las herramientas líticas eran atribuibles al Modo 2, y se asemejaban a las halladas en el yacimiento más próximo de Galería y en los niveles superiores de Dolina (TD10 y TD11). Una datación, realizada por el método radiométrico de Series de Uranio, proporcionó una edad de alrededor de 213.000 años de antigüedad. Esto situaba al paquete superior del yacimiento de Elefante en el Pleistoceno Medio.
otro de los ricos depósitos que afloran en la Trinchera del Ferrocarril con 15 metros repletos de sedimentos. En los primeros años de excavaciones sistemáticas en la Trinchera del Ferrocarril, se tomaron muestras del corte para conocer de manera aproximada su cronología comprobándose que en la parte superior del yacimiento (con un relleno de 10 metros de potencia), aparecía industria lítica asociada a fauna. Las herramientas líticas eran atribuibles al Modo 2, y se asemejaban a las halladas en el yacimiento más próximo de Galería y en los niveles superiores de Dolina (TD10 y TD11). Una datación, realizada por el método radiométrico de Series de Uranio, proporcionó una edad de alrededor de 213.000 años de antigüedad. Esto situaba al paquete superior del yacimiento de Elefante en el Pleistoceno Medio.El descubrimiento de un mandíbula con algunos de sus dientes en el yacimiento de la Sima del Elefante en Atapuerca durante la campaña 2007 de excavación, confirma que los primeros humanos ya se encontraban en Europa Occidental hace 1,2 millones de años. Así lo publica hoy la prestigiosa revista Nature, que destaca el descubrimiento en su portada, en un estudio llevado a cabo por investigadores del equipo de Atapuerca. Hasta este hallazgo, el europeo más antiguo poseía una edad apro
ximada de 780.000 años y provenía también de uno de los yacimientos de Atapuerca, La Gran Dolina (nivel TD-6). La evidencia del nuevo fósil, lleva atrás en el tiempo la colonización de Europa en más de 400.000 años. Aunque existían evidencias de presencia humana en Europa más allá del millón de años, todavía no había sido encontrado ningún fósil humano que confirmase esta ocupación.
ximada de 780.000 años y provenía también de uno de los yacimientos de Atapuerca, La Gran Dolina (nivel TD-6). La evidencia del nuevo fósil, lleva atrás en el tiempo la colonización de Europa en más de 400.000 años. Aunque existían evidencias de presencia humana en Europa más allá del millón de años, todavía no había sido encontrado ningún fósil humano que confirmase esta ocupación. 
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